Своим появлением город обязан отставному капитану Уильяму Муру, который за 10 лет до начала "золотой лихорадки" занял участок площадью 65 гектаров в долине Скагуэй. Опытный моряк обратил внимание на то, что глубины в северной части канала (фьорда) Линн позволяют крупным судам подходить почти к самому берегу. Каждое лето он приезжал сюда с сыном и строил пристань, склады и лесопилку. Когда в 1897 году золотоискатели двинулись на север, Скагуэй (сначала - Мурсвиль) стал их базой перед началом трудного пути через горы. В течение года рядом с домом Мура вырос оживленный город со складами, банками, гостиницами и притонами. Для золотоискателей захолустный хутор превратился в важнейшую перевалочную базу на пути к Клондайку.
С весны 1898 года каждый месяц через Скагуэй проходили около тысячи старателей, направлявшихся в Доусон.